每次實驗結束后，必須立即用專業清洗液沖洗微通道內壁，去除殘留物及催化劑沉淀。針對有機反應體系，先選擇乙醇或丙酮等溶劑清除有機殘留；涉及金屬離子的反應，則需用稀酸溶液溶解金屬氧化物。沖洗完畢后，用去離子水二次清洗，防止清潔劑腐蝕玻璃或石英通道表面。

若通道內已出現催化劑結垢或物料沉積，可將通道浸泡于中性清潔劑（如乙醇）中，配合軟毛刷輕柔刷洗，切忌使用強腐蝕性試劑損傷通道。頑固污漬則需用稀酸或有機溶劑浸泡后再以毛刷清洗，力度適中，避免劃傷微通道壁面。

輕微堵塞時，用氮氣反吹即可疏通，無需拆解設備。日常可每3-6個月用顯微鏡檢查通道完整性，發現裂縫及時更換。實驗結束后用熱溶劑沖洗15分鐘，能有效避免物料殘留結晶，從源頭杜絕堵塞隱患。